Os equipamentos nas duas instalações foram movidos em antecipação aos ataques, disse Behrouz Kamalvandi.
Um galpão na unidade de Isfahan pegou fogo, disse Kamalvandi, sem esclarecer a extensão dos danos no local de Fordow.
Não há risco de contaminação, acrescentou.
A Usina de Enriquecimento de Combustível Fordow fica enterrada nas montanhas perto de Qom, no norte do Irã, e abriga centrífugas avançadas usadas para enriquecer urânio até altos graus de pureza.
Na sexta-feira, Kamalvandi minimizou a extensão dos danos causados à principal usina de enriquecimento nuclear do Irã em Natanz, dizendo que a instalação "não sofreu danos sérios".
No entanto, o chefe do órgão de vigilância nuclear das Nações Unidas disse durante uma reunião do Conselho de Segurança da ONU na sexta-feira que a área acima do solo da instalação foi destruída.
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